За свою 43-летнюю карьеру в стенах студии Диснея он участвовал в создании многочисленных мультфильмов, которые по праву получили статус "классики мирового кинематографа": "Белоснежка и семь гномов", "Пиноккио", "Фантазия", "Сказки дядюшки Римуса", "Золушка", "Алиса в стране чудес", "Питер Пэн", "Леди и бродяга", "Спящая красавица", "Мэри Поппинс", "Книга джунглей" и многих других.

Помимо непосредственной анимационной работы, на счету Джонстона и его близкого друга Фрэнка Томаса записано несколько монографий: "Анимация Диснея: Иллюзия жизни", "Слишком смешно для слов", "Бэмби: История и фильм" и "Злобный Дисней". Джонстон и Томас сами стали главными актерами короткометражки под названием "Фрэнк и Олли", которую снял сын Фрэнка Теодор Томас. В ноябре 2005 года Джонстон стал первым аниматором, которого наградили медалью "за достижения в области искусства" на специальной церемонии в Белом Доме.

За каждым великим рисованным персонажем скрывается личность великого аниматора. В студии Диснея таким "бойцом невидимого фронта" часто становился Джонстон. Среди его находок можно отметить вдохновенную речь Топотуна о поедании зелени ("Бэмби"), вырастающий нос у Пиноккио, когда тот врет фее и танец Балу и Маугли под песню "Медвежьи нужды" (The Bear Necessities) из мультфильма "Книга джунглей". Он приложил руку к отрисовке ключевых персонажей более двух десятков фильмов.